国家农业信息化工程技术研究中心(NERCITA)采取的是“一所两制”的组织及管理体制，国家事业编制的“北京市农林科学院信息技术研究中心”主要负责中心的基础研究、人才培养和技术创新，企业编制的“北京派得伟业信息技术有限公司”主要负责中心得产业化开发工作。

中心实行理事会领导下的主任负责制、全员聘任制和目标负责制,采取“开放、协作、流动、竞争”的运行机制，按需设岗、按岗付酬,双向选择、竞争上岗。